本实用新型公开了一种多标跟踪自动套准系统及多标跟踪自动套准方法，多标跟踪自动套准系统包括两个以上的印刷滚筒，除去第一印刷滚筒外，其余每个印刷滚筒均设置有与控制电脑通讯的色标跟踪套准单元，第一印刷滚筒端部的色标印刷部沿周向间隔设置有N个色标印样，第一印刷滚筒每转动一圈，色标印刷部在承印物上印刷包含N个色标的一组色标；本实用新型的多标跟踪自动套准方法包括输入色标标准间距值、读入信号、计算判断、自动套准、丢弃重组信号等步骤，控制电脑根据色标之间的距离特征自动识别出这一组色标的位置，通过控制色标跟踪套准单元完全实现自动套准，色标识别率高，无需人工干预，使用快捷方便。