本发明提出了一种目的蛋白的纯化方法，包括：S1、将待测样品进行提取处理，获得含有目的蛋白的粗提取液；S2、采用含有铵盐的氯化铯溶液对含有目的蛋白的粗提取液进行密度梯度离心，收集蛋白层液体；S3、将所述蛋白层液体进行电泳，收集目的蛋白条带，所述待测样品为苏云金芽胞杆菌Bacillus thuringiensis的发酵液。利用本发明的方法可以获得的目的蛋白纯度高、收率高，操作简便、快捷，尤其适用于低蛋白含量样品。通过该方法获得的目的蛋白纯度高、收率高，操作简便、快捷，尤其适用于低蛋白含量样品。