本发明公开了一种含有中生菌素和氟嘧菌酯的杀菌组合物，包括常用助剂、中生菌素和氟嘧菌酯，中生菌素与氟嘧菌酯的质量份数比为20:1～1:20，中生菌素和氟嘧菌酯重量总和在组合物中重量百分比为0.1％～90％；中生菌素和与氟嘧菌酯复配后对病原物真菌有明显的协同增效作用，适用于防治有病原物真菌及细菌引起的作物病害，丝核菌属引起的作物病害。本发明减少了农药使用量，降低了农药在植物上的残留量，减轻了对环境的污染，延缓了病害抗药性的产生，增加了农药使用寿命。