本发明涉及Java卡EEPROM存储区域空闲块的管理方法，具体为Java卡通过一个空闲块信息表管理所有EEPROM中空闲块的信息，预先从EEPROM为空闲块信息表的第一个结点分配空间，当空闲块个数超过当前结点所能存储的最大数量后，将从EEPROM为后继结点申请存储空间；为数据申请存储空间时，遍历空闲块信息表并选择大小合适的空闲块；释放数据占用的存储空间时，采用块合并排序算法将释放的存储空间合并到合适的空闲块中，并且将空闲块信息按照大小排序；本发明按块大小由小到大的顺序存储方式存储空闲块信息，这样在申请存储空间时，可以快速查找到存储位置，大大提高执行效率；通过本发明的Java卡管理方法可以显著提升Java卡的运行效率。