本发明涉及印刷机工控技术领域，公开一种印刷堆码机用纸板分垛堆码控制方法及系统，以提高生产效率。其系统包括：设置在伺服印刷模切机震屑机后段的点数机；点数机前段与印刷模切机震屑机后段之间留有小于纸板长度的间隙；在垂直相切于点数机前段的竖直方向设有点数光电开关，用于在检测到纸板与点数机刚接触时产生一个计数信号给点数机；点数机，设有第一处理器以用于根据所接收的计数信号和参数设置模块所设置的皮带输送长度、皮带速度、分垛纸张数值及降速时长进行各组件之间的协同，在当前分垛最后的纸板离开皮带时，控制皮带驱动装置根据降速时长进行降速处理以将前后两垛纸张进行分垛，进而供点数机之后的堆码机进行后续关联处理。