本发明公开一种玻璃纤维筋预应力抗浮锚杆加载装置及其施工方法，其特征是设置钢套管，钢套管的底部管端贯穿底板垫层深入在岩基层中，锚杆的下段锚固在岩基层中，锚杆的上段套装在钢套管中，并利用填充的环氧树脂与钢套管固结，锚杆为GFRP锚杆；在底板垫层上放置下承载板，下承载板利用通孔滑套在钢套管上，在钢套管上设置以下承载板为锁定端面锁紧螺母；在钢套管的上方设置预应力加载机构，用于通过钢套管的传力向锚杆实施预应力加载。本发明可以避免在施加预应力时对锚杆产生剪切破坏，保证锚杆与底板钢筋的有效连接，确保了抗浮锚杆的锚固支护效果。