本发明涉及磁盘镜像文件技术领域，本发明公开了一种基于磁盘镜像文件的碎片整理方法及碎片整理系统，该方法包括：创建第一文件，并在所述第一文件内形成表格；获取源文件，并分离所述源文件的各个数据块；对各个所述数据块进行位置排序，并依次输入至所述表格；若各个所述数据块完全输入至所述表格，则触发所述第一文件的保存程序；将所述第一文件替代所述源文件，并完成所述源文件的碎片整理，此时，各个所述数据块按照位置顺序依次输入至第一文件的表格，并且所述源文件逐步转移数据至第一文件，以便于各数据库连续性输入至第一文件，提高了源文件的碎片整理的完整性和效率，并且提高虚拟机的运行效能。