本发明公开了一种保持鹿茸活性的加工方法与应用，属于特种动物制品深加工技术领域。本发明所提供的方法是将鲜鹿茸经过淀粉封口处理后，用双氧水处理分割后干燥，再冷藏定形，将定形后的鹿茸通过二次破碎获得骨泥，再将所得骨泥通过二次研磨获得研磨浆，最后通过二次循环冻干，获得冻干鹿茸粉。本发明所提供的方法能够生成颗粒大小为13～15μm超微鹿茸冻干粉利于使用和吸收，且该方法获得的超微鹿茸冻干粉DPPH自由基清除率可达到80％以上可以有效保持鹿茸活性，适于产业化推广。