本实用新型公开了隧道式微波灭菌装置，属于材料或消毒的一般方法或装置技术领域，包括机座、灭菌箱、安装箱和微波发生器；所述机座的下端面固定连接有八组支撑柱组，且机座的上端面固定连接有六个灭菌箱，所述灭菌箱的前、后端面均固定设有安装箱，所述安装箱和灭菌箱为一体式结构，且所述安装箱内部设有安装空间，所述安装空间内部上侧固定设置有两个微波发生器，且安装空间内部下侧固定设置有两个电源，所述机座内部转动设置有运输装置，采用该方式能够很好的保护药材内部的成分，另外，不会受到药材中含有少量的水分的影响，导致该灭菌方式灭菌效果不理想，同时，该手段灭菌时间短、灭菌速度快、保护营养成分、节能高效等优势。