本发明公开了一种丝瓜皂苷的提取方法，包括以下步骤：将丝瓜清洗后切成小块，加入丝瓜重量1~2倍的水，加入双歧杆菌发酵；将发酵液离心分离，取清液备用；将清液经微孔滤膜过滤除菌；滤液经连续色谱选择分离得丝瓜皂苷。本发明的优点在于：采用发酵方法提取，消除了化学提取中加热过程，避免了丝瓜皂苷因加热被破坏，使提取率更高；减少化学药剂的使用，提高丝瓜皂苷的品质；采用规模化生产，产量大，成本低。