本发明公开了一种灵芝孢子粉的冷冻真空干燥和提纯的方法。该方法包括步骤：将水在搅拌下加入灵芝孢子粉原料，均匀分散；静置，除去上层漂浮物，弃去沉淀；将中间液过滤除去杂质；将过滤液压滤，粉碎，加入纯化水，混合均匀得到混悬液，再进行冷冻真空干燥，得到灵芝孢子粉。本方法最大限度地提高了灵芝孢子粉的洁净度、纯度及生物活性，保持其色，香，味等物理性状，并能确保完全去除对人体可能产生免疫反应的灵芝孢子生物保护膜，使其真正成为纯天然的安全绿色产品；所得灵芝孢子粉所含水低，有利于产品的长时间保存；采用本方法进行冷冻干燥后的灵芝孢子粉质地疏松，有利于减少破壁的次数及提高破壁率，并能明显提高灵芝孢子粉的抑瘤率。