本实用新型公开了一种种茎分选装置，涉及分选装置技术领域，包括分选箱，所述分选箱左侧壁上部开设有进料口，所述分选箱的内部间隔安装有第一分选板、第二分选板和第三分选板，所述第一分选板和第二分选板上均开设有分选口，所述第一分选板上的分选口宽度大于第二分选板上的分选口宽度，所述分选箱右侧壁上间隔开设有多个出料口，所述第一分选板、第二分选板、第三分选板均穿过出料口延伸至分选箱的外部，所述出料口下方安装有收料盒。本实用新型中，能够实现自动对巨菌草种茎的分选作业，减轻人力，提高了巨菌草种茎分选效率，能够满足实际分选需求，实用性强。