本发明属于微针眼贴加工技术领域，提供了一种微针眼贴加工设备及其加工方法，微针眼贴加工设备包括眼贴打片机和眼贴输送机，眼贴打片机包括设有若干料带放料轴和废料收卷轴的打片机机架，打片机机架的一端至另一端依次设有第一牵引复合装置、微针原片转帖装置、牵引输送装置、微针原片模切装置、第一低粘膜收废装置、医用胶料带模切装置、第二牵引复合装置和第二低粘膜收废装置，微针原片转帖装置包括安装于打片机机架上的原片上料基座平台，原片上料基座平台上设有粘接托板以及原片移料机构，原片移料机构的上游设有原片上料机构。本发明大大提高了微针眼贴的加工效率及加工质量，且加工得到的微针眼贴产品，不但使用方便，且贴附效果好。