本发明公开一种抑制发动机扭矩脉动的方法和混合动力系统，该方法用于混合动力系统，包括：首先，通过获取的发动机的状态数据，确定发动机扭矩脉动随曲柄连杆转角θ的脉动函数；然后，建立以曲柄连杆转角θ为自变量，以补偿扭矩为因变量的补偿函数，使补偿扭矩和发动机扭矩脉动之和在整个曲柄连杆转角角度域内，等于0或接近于0；其次，将补偿函数与控制软件编译整合，写入电机控制器内；最后，在发动机和电机运行时，计算出补偿扭矩；根据电机控制器的控制，电机输出正常工作扭矩的同时，叠加输出补偿扭矩，从而实现对发动机扭矩脉动的抑制。本发明无需添加硬件结构，在不提升动力系统成本的基础上即可实现发动机扭振脉动的抑制。