本发明提供了一种燃料电池系统集成水热散热系统，其中水热散热系统可包括：电池堆冷却回路，所述电池堆冷却回路中的冷却液由第一水泵驱动依次通过电池堆、换热器，并回到第一水泵；以及辅助系统冷却回路，辅助系统冷却回路中的冷却液由第二水泵驱动依次通过三通阀、所述换热器、散热器、燃料电池辅助系统，并回到第二水泵，其中三通阀具有连接第二水泵的第一接口、连接换热器的第二接口、以及连接到换热器和散热器之间的旁路接口。当电池堆冷启动时，辅助系统冷却回路可通过换热器对电池堆冷却回路提供热量以加速电池堆启动，当电池堆温度达到最佳工作温度范围时，辅助系统冷却回路可通过换热器帮助电池堆冷却回路散热。