本公开提供了一种缩短频谱数据处理时间的方法及系统，在加窗运算和FFT运算之间增加加窗数据流的控制步骤：将定点化以后的窗系数出现的零点的乘法操作进行省略，直接向FFT运算中输入零值。利用频谱分析中加窗系数的特征，可以减少需要采集数据的点数，该特点在小分辨率下效果更加明显。解决了现有技术中需要获取满足FFT长度足够的数据，才可以进行频谱数据处理的问题。