本发明提出一种端口定时偏差补偿方法、系统和终端。端口定时偏差补偿方法，包括：对各端口进行信道估计，获得各端口频域信道估计信息利用相隔的导频信号估计结果，在频域分别估计端口的定时偏差Δt；依据估计的端口定时偏差Δt进行定时偏差补偿；定时偏差补偿方法为：采用估计的定时偏差补偿滤波系数，对端口数据进行滤波补偿，端口数据经滤波补偿后发送。一种端口定时偏差补偿系统，包括：信道估计单元；定时偏差估计单元；偏差补偿单元。定时偏差补偿系统可被应用于数据终端。与现有技术中对原始数据进行补偿的方案相比，本方案不需要对原始数据进行处理，通过数据滤波的方式进行数据时偏补偿，可以保证高效准确的进行数据时偏补偿。