本实用新型公开了一种旋涡式蛋白质分离器，包括由底座、外筒体、排水组件和上筒体拼装而成的分离器，所述外筒体套装设置在底座与排水组件间，所述上筒体套装设于排水组件的上端，所述底座的侧端处设有一偏心设置的进水口，所述进水口的另一端设有进水管和电机，本实用新型结构简单，使用方便快捷，采用偏心进水口的方式进水，并且内部向上排水管道的直径大于进水口的直径，使入水时能够产生旋涡状水柱并向上排出，起到提升泡沫上升的速度，并且旋涡状的水柱能够保证泡沫的运动轨迹，使其不会出现两股泡沫碰撞造成回流的情况，并且在顶部设置有用于收集泡沫污垢的上筒体，且采用可开盖的结构，便于后续的清洁处理。