本实用新型公开了一种天然矿泉水的多介质高效过滤系统，包括罐体，罐体的内部设置有活性炭滤料层、石英砂过滤层和磁铁矿滤料层；磁铁矿滤料层的上方设置有下支撑板和上支撑板，上支撑板与下支撑板之间设置有多个外支撑网筒，外支撑网筒的圆周面上设置有纳滤膜，外支撑网筒的内部设置有竖直的内支撑网筒，内支撑网筒的圆周面上设置有反渗透膜，上支撑板上设置有多根排水管，排水管的一端伸入内支撑网筒中，另一端连接总输水管，总输水管上设置有水泵。本多介质高效过滤系统不仅实现了初步过滤和精滤的功能，还实现了纳滤和反渗透的功能，将多种功能集成为一体，减少了设备数量和设备占地面积，提高了过滤效率，有利于降低生产成本。