本发明提供了一种水稻自动覆盖种子育秧基质盘及制备方法和应用，属于水稻育秧技术领域。水稻自动覆盖种子育秧基质盘是依照蜂巢结构，以膨化稻壳、玉米秸秆、蛭石、腐熟粪便和草碳土为组分经过模具成型和高温干燥得到初型，以穴为独立单位，每穴之间用水膨胀材料做阻隔，整体秧盘底部及周边用降解纸粘贴固形，按照插秧机使用秧盘的规格制作成水稻旱育机插自动覆盖种子育秧基质盘产品。应用水稻自动覆盖种子育秧基质盘育苗，既替代育苗土壤，也替代塑料育秧盘，可直接摆放使用，省去播种后再次覆盖的工序，提高水稻育秧工作效率，营造一个适宜寒地育苗根系生长的基质体，增强了秧苗生长过程中的抗逆性，培育出壮苗。