本发明提供一种映射表存储的方法、装置、电子设备及存储介质。所述方法包括：在第一物理块被系统映射表和基础映射表第一次存满且有新的系统映射表和新的基础映射表需要存储时，直接将新的系统映射表和新的基础映射表存储于第二物理块内，更新并存储更新后的系统管理映射表；在第二物理块被新的系统映射表和新的基础映射表存满且后续有新的系统映射表和新的基础映射表需要存储时，擦除第一物理块，第一物理块继续存储后续新的系统映射表和新的基础映射表，更新并存储更新后的系统管理映射表。本发明不但加快了eMMC中映射表的存储速度，而且极大的缩减了映射表占用的存储空间，提高eMMC的运行速率和工作效率。