本发明提供一种嵌入式系统差分升级的方法及装置，所述方法包括：基于原始版本数据文件、新版本数据文件和设备硬件特性参数进行分段切割，并对应生成原始版本分段数据和新版本分段数据；依次取出每段新版本分段数据与原始版本数据文件进行LCS计算对应得出LCS总和长度，并按照LCS总和长度大小排序所生成的顺序表对新版本分段数据进行排序；根据新版本分段数据的排序依次与原始版本分段数据进行差分处理并生成对应的至少两段差分分段数据，然后打包生成差分更新包；将差分更新包中的差分分段数据差分还原为新版本分段数据并对应替换所述原始版本分段数据。本发明能够极大的减小升级所需的内存开销，并且能在低资源情况下提高的差分效率。