本发明公开了一种用于多层穿梭库的抽屉式货架分拣系统，其包括至少两个多穿库货架、自动输送线、穿梭小车、穿梭小车换层提升机、货物提升机和自动控制系统，所述穿梭小车设置于相邻两个多穿库货架之间，所述多穿库货架的一端设置货物提升机和自动输送线，另一端设置穿梭小车换层提升机，所述多穿库货架上设置有货架拣选位，所述货架拣选位上安装有滑轨，周转箱能拉出地设置于所述货架拣选位形成抽屉式拣选货架，所述周转箱上设置有条形码，所述自动输送线上设置有条码阅读器。上述抽屉式货架分拣系统拣选时符合人体工学，可实现生产物料的分批次拣选，实现生产过程中物料的实时配送，减少线边库库存，提高生产效率，节省人力成本。