本公开是关于一种灌封装置及磁悬浮电机，属于定子灌封技术领域，灌封装置包括上底座和下底座，上底座内形成第一容置腔，下底座内形成第二容置腔；定子包括沿其长度方向依次设置的定子上部、定子中部和定子下部；第一容置腔用于容置定子上部，第二容置腔用于容置定子下部；第一容置腔与定子上部的外壁面之间具有第一间隙，第二容置腔与定子下部的外壁面之间具有第二间隙；第一间隙用于容置灌注于上底座内的胶体，第二间隙用于容置灌注于下底座内的胶体。本公开的灌封装置可同时对位于定子上部的绕组和位于定子下部的绕组灌封，彼此互不干扰，提高灌封效率，同时可以减少灌封胶体的消耗量，降低灌封成本。