本发明公开了一种红树林生态修复的方法，包括以下步骤：首先，对红树林修复区的环境特征进行调查和测定，所述的环境特征包括水环境特征、土壤质量特征和风浪大小；根据调查所得数据对红树林修复区进行区域划分，确定需要生态修复区域；在需要水环境生态修复区域投放复合微生物菌种或种植净化污水的乡土红树植物以改善水质；在需要土壤生态修复的区域进行土壤修复；根据风浪大小在需要生态修复区域种植本土红树幼苗并加固；定期对红树林修复区进行监测养护，观测植物生长状态。本发明通过微生物修复技术和红树林生态修复技术，提高红树植物成活率的同时，净化水质，改善土壤养分，有效遏制了红树林生态系统的退化，增加生物多样性。