本发明适用于通信技术领域，提供了一种超宽带定位系统中时钟同步的方法、装置及超宽带定位系统，其中，所述超宽带定位系统包括定位引擎和基站，各基站采用级联的方式进行连接，该超宽带定位系统中时钟同步的方法包括：所述定位引擎获取各基站的位置信息，基于所述各基站的位置信息，确定各预设区域内的主基站和从基站，所述主基站向各预设区域内的从基站发送时钟同步信号，用于指示所述从基站进行时钟同步。本发明通过主基站向各预设区域内的从基站发送时钟同步信号，可以实现每一级的时钟同步，提高系统整体时钟同步的精度，具有较强的易用性和实用性。