本发明公开了一种流水灯控制系统及控制方法，包括：每一驱动电路包括数据选择单元和驱动控制单元，第1个驱动电路的数据选择单元的数据输入端与控制模块的第一输出端电连接，第i个驱动电路的数据选择单元的数据输入端与第i‑1个驱动电路的数据选择单元的数据输出端电连接；各驱动控制单元的驱动端均与控制模块的第二输出端电连接；第j个灯组包括nj个灯珠，第j个驱动控制单元包括nj个输出端，各输出端与各灯珠一一对应电连接；第1个驱动电路的数据选择单元接收控制模块输出的个串行数据信号，第i个驱动电路的数据选择单元的数据输入端接收第i‑1个驱动电路的数据选择单元输出的个串行数据信号，实现同时驱动多组灯珠且各组灯珠按顺序呼吸点亮或熄灭。