本发明提供一种抗盾纤毛虫的药物组合物及其制备方法。由以下重量份数的原料制成，包括：茅膏菜2‑3份、食品级浓度为95%的乙醇20‑30份、脂肪醇聚氧乙烯醚硫酸钠0.3‑0.6份，制备方法包括以下步骤：按重量份数取2‑3份茅膏菜，粉碎，放入反应釜的上部分，再加入20‑30份食品级浓度为95%的乙醇，通过对原料进行搅拌提取5h，得到提取液；将0.3‑0.6份脂肪醇聚氧乙烯醚硫酸钠加入S1提取的提取液中，混合均匀，得到混合液；将1000份大菱鲆饲料加入反应釜的下部分，再将S1提取后的茅膏菜渣与大菱鲆饲料混合，充分搅拌0.5h。本发明具有对大菱鲆毒性小、环保、有效降低盾纤毛虫的感染率和可同时生产提取液和混合饲料的优点。