本申请实施例提供了一种恶意代码检测方法、系统及计算机可读存储介质。该方法包括以下步骤：获取待检测的目标代码包；基于第一恶意代码库对目标代码包进行恶意代码包检测，得到第一轮检测结果；采用预设神经网络模型对所述目标代码包进行特征提取，以获取所述目标代码包的第一特征信息；采用预先建立的第二恶意代码库对所述第一特征信息进行检测，得到第二轮检测结果；所述第二轮检测结果为所述目标代码包不包括第二恶意代码包或者包括至少一个第二恶意代码包；结合所述第一轮检测结果以及所述第二轮检测结果确定所述目标代码包中的恶意代码包情况。