本实用新型涉及药物生产技术领域，具体涉及一种冻干式头孢噻呋钠的生产系统；冻干式头孢噻呋钠的生产系统包括水体处理组件、容器组件和投料组件，水体处理组件包括超滤结构、紫外线处理结构、预处理结构和容置壳体，预处理结构设置于容置壳体的外侧，且与外界水流连通，超滤结构设置于容置壳体的内侧，且与预处理结构连通，紫外线处理结构设置于超滤结构的末端，容置壳体则分别连接容器组件和投料组件，在现有技术的基础上改进生产系统的结构，通过增设预处理结构，利用预处理结构对水体进行预处理，再增设超滤结构，通过超滤结构实现对水体的超滤处理，进而满足水体在药物生产过程中的质量要求。