本发明属于生物技术领域，具体公开了一种多拉菌素产生菌，该多拉菌素产生菌保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏日期为2017年9月14日，保藏编号为CCTCC NO：M 2017506，其分类命名为阿维菌素链霉菌643a31（Streptomyces avermitilis 643a31）。本发明还公开了该菌株的应用，即利用该菌株制备多拉菌素的方法。本发明的菌株产生的多拉菌素与多拉菌素结构类似物比例显著提高，可简化多拉菌素纯化工艺。本发明的菌株是发明人通过对发明人自主保藏的多拉菌素产生菌suk17‑643a进行4轮紫外线复合氯化锂诱变筛选，获得多拉菌素占比提高的突变菌株。最终筛选获得643a31菌株，多拉菌素占比可达到85%以上，摇瓶发酵效价达到700μg/ml以上。