本发明涉及一种移动应用的自动化测试方法、系统、存储介质以及设备，其中，方法包括：初始化自动化测试工具的运行环境，运行自动化测试工具，并以shell身份权限运行脚本引擎，且建立脚本引擎与自动化测试工具的通信连接；接收自动化测试指令，并根据自动化测试指令获取Lua测试脚本和待测试应用；安装并运行待测试移动应用，且自动化测试工具根据自动化测试指令通知脚本引擎执行Lua测试脚本。通过自动化测试工具接收自动化测试指令，并通过自动化测试工具通知脚本引擎，使脚本引擎以shell身份权限执行Lua测试脚本，从而无需在开发过程中嵌入测试程序，减少了开发人员的工作量，支持跨应用的自动化测试，可使自动化测试更贴合用户实际使用环境。