本发明公开了一种混合坚果包装系统及其控制方法，属于食品包装领域。它包括分别与控制单元连接的数粒单元、提升运输单元、称重组合单元、下料单元、包装单元、运输单元和分类回收单元，其中称重组合单元包括有预混料仓和储料仓，对物料分类称重，防止出现物料堆积、黏块，导致称重精度下降的问题；且称重组合单元的储料仓和预混料仓下层分别设置有至少一个称重斗，每个称重斗下层分别设置有至少一个记忆斗，通过提高组合时重量的最优选择概率，显著提高每种物料的称重精度和混合物料的组合称重精度，且本发明的包装系统自动化程度更高，缩短了包装周期。