一种基于代付业务的电子支付方法及其系统，方法包括：商家终端将待支付商品金额发送至代付方服务器；所述代付方服务器根据所述待支付商品金额生成待支付金额，然后根据所述待支付金额生成待支付二维码并将其发送至所述商家终端，其中所述待支付金额由所述待支付商品金额与代付手续费组成；用户终端扫描所述支付二维码获取支付信息并将其发送至支付服务器；所述支付服务器根据所述支付信息进行支付操作；所述商家终端在接收到支付金额时将所述支付金额发送至所述代付方服务器；待付方将所述待支付商品金额对应的现金送至商家。如此既有效确保商家接收到支付现金的同时又可使用户通过电子支付进行付款，使用方便、操作简单，提高交易量。