本发明提供了一种电动卷帘门遇阻保护系统及控制方法，包括支架板、位于所述支架板上的从动链轮和主动链轮以及驱动所述主动链轮转动的电机，所述从动链轮和主动链轮间连接有链条，其特征在于：还包括控制器、遇阻反馈机构以及绝对值编码器，所述遇阻反馈机构包括信号输出单元，所述信号输出单元以及所述绝对值编码器与所述控制器连接，所述控制器与所述电机连接。