本发明公开了在线身份认证、在线交易验证、在线验证保护的方法与系统，所述在线身份认证的方法包括：令牌设备利用银行IC卡的交易计数器ATC计数值和卡片密钥、业务数据，得到第一一次性动态口令；网络应用终端获取所述第一一次性动态口令，并将包含所述第一一次性动态口令和用户身份标识的身份认证请求发送至身份认证中心；身份认证中心收到所述身份认证请求后，利用其中的用户身份标识，获取预存的ATC计数值和卡片密钥，并利用所述预存的ATC计数值和卡片密钥，对所述第一一次性动态口令进行处理；身份认证中心根据处理结果，向网络应用终端发送身份认证成功/失败的消息。本发明实现了在线的身份认证和交易验证，保证了在线交易的安全性。