本实用新型公开了一种微生物检测自控灭活装置，包括储存桶，储存桶的正面分别安装有处理器和微生物检测仪，储存桶右侧的安装有中转箱，中转箱的内侧分别设置有灭活结构、第一紫外灯和第二紫外灯，灭活结构与储存桶连通，第一紫外灯位于中转箱内侧的中部，第二紫外灯安装于中转箱内壁的两侧，中转箱的右侧设置有加热装置，加热装置的上方设置有压力泵，压力泵的抽水管与灭活结构连通,压力泵的排水管加热装置连通，加热装置的底部设置有排液结构。本实用新型具备可以对液体内部微生物进行深度循环灭活，提高液体质量的优点，解决了目前检测处理时由于液体自身的深度，导致下方的微生物不能被彻底灭活，影响整体溶液洁净度的问题。