本申请实施例公开了一种充电模块输出控制方法及系统，充电模块包括电源模块、环路控制模块、功率校正模块和隔离变压模块，该方法包括：环路控制模块根据第一输入电压、第二输入电压和第三输入电压，得到第一PWM波形、第二PWM波形和第三PWM波形；功率校正模块根据第一PWM波形和第一输入电流，得到第一输入功率，根据第二PWM波形和第二输入电流，得到第二输入功率，根据第三PWM波形和第三输入电流，得到第三输入功率，根据第一输入功率、第二输入功率和第三输入功率，得到母线电压；隔离变压模块根据母线电压，确定实际输出电压。采用本申请实施例，能够在充电模块空载低压输出时，消除功率校正时产生的高频干扰，降低损耗。