本发明公开了一种提高益生菌稳定性的微囊粉制备工艺及益生菌颗粒，提高益生菌稳定性的微囊粉的制备工艺包括如下步骤：S1：将益生菌菌体与脂肪酸混合乳化，然后加入冻干保护剂，得到乳化物；S2：将乳化物置于‑60℃～‑80℃的温度下进行预冻处理，冻结后进行抽真空干燥，得到冻干块；将冻干块粉碎，得到半成品微囊粉；S3：以脂肪酸为壁材，对半成品微囊粉进行喷涂和干燥处理，得到成品微囊粉。本申请制备所得微囊粉中的微生物具有更高的冻干存活率，且冻干后水活度更低，有利于提高长期储藏的稳定性。