本公开涉及一种手术辅助导航系统的精度检测方法、装置、设备及介质。本公开通过获取预设装置的扫描图像得到第一测量点和第二测量点的三维重构坐标，根据光学定位系统检测到的三个以上的标记点分别在光学坐标系下的第一坐标、三个以上标记点分别与多个测量点之间的相对位置关系，确定第一测量点在光学坐标系下的第二坐标和第二测量点在光学坐标系下的第三坐标，为计算手术辅助导航系统的精度提供了数据基础；根据第一测量点的三维重构坐标、第二测量点的三维重构坐标、第二坐标和第三坐标，分别确定第一测量点和第二测量点的坐标差异，以及第一测量点到第二测量点的方向差异，从而确定手术辅助导航系统的精度，方法操作简单，成本低廉。