本申请提供用于肠道菌群检测的集成模型的构建方法及其检测装置。该构建方法包括：获得原始肠道菌群数据，其包括健康肠道菌群数据样本和异常肠道菌群数据样本；将健康肠道菌群数据样本的多个不同子集与异常肠道菌群数据样本分别组合为多个肠道菌群数据样本集；分别基于每个肠道菌群数据样本集对多个单次模型进行训练以确定每个单次模型的模型参数；以及将多个单次模型融合为用于肠道菌群检测的集成模型。根据本申请提出的用于肠道菌群检测的集成模型的构建方法，能够明显提高机器学习建模分析的预测准确率和减小多次建模结果的方差，减小数据结果的随机波动，整体直观反应数据集的整体情况，提高建模预测的准确性和客观性及临床适用性。