本发明公开的基于脑功能模板的多模态医学图像配准方法，其步骤为：图像提取单元提取原始的多模态医学图像；空间变换获取模块对原始的多模态医学图像进行分析，获得空间变换信息；图像识别模块识别多模态医学图像之解剖学图像中的病灶区；利用空间变换信息，计算并获取对应多模态医学图像之功能性图像的相应病灶信息；将获取的功能性图像的病灶区域信息，通过信息量化模块配准，并显示在功能性图像的对应区域；根据空间点源坐标自动判断图像配准是否出现跨越脑功能区的情况。本发明更精准实现多模态脑部医学图像的配准，可在一幅图像上同时清楚地显示脏器功能代谢信息和脏器的功能信息。