本发明涉及生物医学基础研究领域，特别是涉及定位于线粒体的融合蛋白、接头及其用途，所述融合蛋白包括线粒体定位多肽、目的蛋白和标记蛋白，所述线粒体定位多肽和目的蛋白之间，以及目的蛋白和标记蛋白之间均通过接头连接，所述接头为通过在柔性连接肽两端连接酶切位点获得的。本发明的接头能够增强融合蛋白线粒体靶向定位表达的高效性和有效性，融合蛋白能够用于线粒体相关的研究中，用于开发与线粒体相关疾病的疫苗或药物，并实现高效定向给药，具有广泛应用价值。