本发明公开了一组用于肝癌检测的基因标志物及其应用，尤其适用于早期肝癌的检测和/或AFP阴性的肝癌的检测，应用领域是生物科学:生物学、生物化学、生物技术、医学和医学技术。一组肝癌基因标志物，由EP400基因、MAPK1IP1L基因、NUFIP2基因、PHC3基因、RPS6KB1基因和STX7基因组成。本发明的优点是：本发明的基因标志物，用于肝癌的甄别诊断，敏感性高、特异性强，且由于是以临床上最易采集的外周血为检测样本，检测方便，适用于肝癌的早期诊断，及对AFP阴性肝癌患者的检出，应用前景广阔。