本发明公开了一种检测基因点突变的液相芯片，包括：针对基因突变位点设计的引物对、微球、以及信号报告分子，该引物对中，正向引物3’端最后一个碱基与待检测基因突变位点的碱基互补，与野生型基因不互补，该正向引物序列中还人工引入的一个与突变型和野生型基因均不互补的碱基，该正向引物与微球通过连接臂相连接；反向引物与突变型基因完全互补，其5’端标记有信号报告分子。本发明还公开了检测基因点突变的方法，包括步骤：针对基因突变位点设计上述引物对；用该引物对在油包水乳液中对待检测突变基因进行扩增；检测微球表面的荧光信号。本发明检测基因点突变的液相芯片和方法，显著提高了大量野生型基因背景下低丰度基因点突变的检测灵敏度。