本发明公开一种生物信息数据分析和结果质控自动化方法，包括数据下载，录入或获取标样检测信息，遍历未分析标样，放入系统等待队列，分析标样，分析结果质控，上传分析文件。本发明还公开一种生物信息数据分析和结果质控自动化系统，包括数据下载单元，检测信息单元，未分析标样单元，等待队列单元，生物信息分析单元，质控单元，上传分析文件单元，备份单元。本发明能实现生物信息分析流程化管理，生物信息测序数据下载后自动获取检测信息，将合格样本加入等待队列，排除不合格样本分析占用生物信息云节点资源，对分析状态及时更新，可及时发现分析问题，及时更正，分析结果质控，可将不合格分析筛出，分析结果合格标样自动将分析结果上传。