本发明实施例提供一种基于生物云平台的测序数据分析系统及方法，包括用户界面模块，用于获取待分析的测序数据，并将测序数据发送到特征提取模块；特征提取模块，用于对接收到的测序数据进行特征提取处理，得到测序数据特征值，根据测序数据特征值获取对应的样本测序数据，并将样本测序数据发送到图表呈现模块；图表呈现模块，用于接收特征提取模块发送的样本测序数据，并将样本测序数据转换成可视化样本图表进行显示；云端综合分析模块，用于根据可视化样本图表对测序数据进行分析，并将分析结果数据发送到图表呈现模块，以生成可视化测序报告图表。本发明实施例提高了测序数据的处理效率，使得测序数据分析方式更加多样化。