本发明公开了微球芯片的制备方法，使用刻蚀有微孔的二氧化硅载玻片做基底，在上面均匀涂抹一层紫外胶后，加入编码的二氧化硅微球，离心后得到一张具有空间解码能力的生物芯片。本发明基于紫外胶处理二氧化硅芯片，进而组装微球的方法，可以实现99％以上的落孔率，且杂质少。本发明提供了一种简单且成本较低的方式，实现了空间转录组芯片的快速制作。