本发明涉及生物医学技术领域，具体涉及一种基于全转录组高通量测序构建基因调控网络的方法。在全转录组高通量测序数据的基础上，通过对差异表达的基因、lncRNA、circRNA及miRNA的筛选，以及基因、lncRNA与circRNA的共表达分析和miRNA结合靶点预测，构建疾病相关的竞争性内源RNA调控网络，根据随机游走算法筛选出调控网络中的关键基因，并通过通路富集分析确定关键基因显著富集的通路，结合通路的基因调控关系，分析关键基因在调控疾病过程中的生物学机理。本发明提供的疾病相关关键基因的鉴定及其调控网络的构建方法，为研究复杂疾病的发生发展机制提供了新的思路。