本发明提供了基于PacBio全长转录组测序数据的质控方法，包括步骤：1）利用IsoSeq分析流程从原始PacBio全长转录组测序数据得到高质量和低质量的一致性全长序列；2）基于Illumina测序数据对低质量一致性全长序列进行校正，过滤仍达不到高质量标准的序列；3）合并高质量和校正后符合条件的低质量一致性全长序列，按照以下标准进行过滤：去除由序列嵌合产生的过长序列；去除自身比对结果中存在回文序列的一致性全长序列；去除能被其他一致性全长序列比对到多个位置的序列。通过多个标准过滤一致性全长序列中可能存在的嵌合序列，降低最终转录组中的假阳性结果比例，提高后续转录组相关分析结果的准确性。